头颈部鳞状细胞癌的高分辨率分析确定了临床相关脆弱性的特定生物标志物和表达亚型

Bray, F.; Ferlay, J.; Soerjomataram, I.; Siegel, R.L.; Torre, L.A.; Jemal, A. Global cancer statistics 2018: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries. CA Cancer J. Clin., 2018, 68(6), 394-424.
[http://dx.doi.org/10.3322/caac.21492] [PMID: 30207593]

Cramer, J.D.; Burtness, B.; Le, Q.T.; Ferris, R.L. The changing therapeutic landscape of head and neck cancer. Nat. Rev. Clin. Oncol., 2019, 16(11), 669-683.
[http://dx.doi.org/10.1038/s41571-019-0227-z] [PMID: 31189965]

Sung, H.; Ferlay, J.; Siegel, R.L.; Laversanne, M.; Soerjomataram, I.; Jemal, A.; Bray, F. Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries. CA Cancer J. Clin., 2021, 71(3), 209-249.
[http://dx.doi.org/10.3322/caac.21660] [PMID: 33538338]

Wu, S.; Huang, C.; Su, L.; Wong, P.P.; Huang, Y.; Chen, R.; Lin, P.; Ye, Y.; Song, P.; Han, P.; Huang, X. Cancer associated fibroblast derived gene signature determines cancer subtypes and prognostic model construction in head and neck squamous cell carcinomas. Cancer Med., 2023, 12(5), 6388-6400.
[http://dx.doi.org/10.1002/cam4.5383] [PMID: 36404634]

Shield, K.D.; Ferlay, J.; Jemal, A.; Sankaranarayanan, R.; Chaturvedi, A.K.; Bray, F.; Soerjomataram, I. The global incidence of lip, oral cavity, and pharyngeal cancers by subsite in 2012. CA Cancer J. Clin., 2017, 67(1), 51-64.
[http://dx.doi.org/10.3322/caac.21384] [PMID: 28076666]

Solomon, B.; Young, R.J.; Rischin, D. Head and neck squamous cell carcinoma: Genomics and emerging biomarkers for immunomodulatory cancer treatments. Semin. Cancer Biol., 2018, 52(Pt 2), 228-240.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2018.01.008] [PMID: 29355614]

Lee, D.J.; Eun, Y.G.; Rho, Y.S.; Kim, E.H.; Yim, S.Y.; Kang, S.H.; Sohn, B.H.; Kwon, G.H.; Lee, J.S. Three distinct genomic subtypes of head and neck squamous cell carcinoma associated with clinical outcomes. Oral Oncol., 2018, 85, 44-51.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.oraloncology.2018.08.009] [PMID: 30220319]

Huang, C.; Liang, Y.; Dong, Y.; Huang, L.; Li, A.; Du, R.; Huang, H. Novel prognostic matrisome-related gene signature of head and neck squamous cell carcinoma. Front. Cell Dev. Biol., 2022, 10, 884590.
[http://dx.doi.org/10.3389/fcell.2022.884590] [PMID: 36081907]

Huang, C.; Chen, L.; Savage, S.R.; Eguez, R.V.; Dou, Y.; Li, Y.; da Veiga Leprevost, F.; Jaehnig, E.J.; Lei, J.T.; Wen, B.; Schnaubelt, M.; Krug, K.; Song, X.; Cieślik, M.; Chang, H.Y.; Wyczalkowski, M.A.; Li, K.; Colaprico, A.; Li, Q.K.; Clark, D.J.; Hu, Y.; Cao, L.; Pan, J.; Wang, Y.; Cho, K.C.; Shi, Z.; Liao, Y.; Jiang, W.; Anurag, M.; Ji, J.; Yoo, S.; Zhou, D.C.; Liang, W.W.; Wendl, M.; Vats, P.; Carr, S.A.; Mani, D.R.; Zhang, Z.; Qian, J.; Chen, X.S.; Pico, A.R.; Wang, P.; Chinnaiyan, A.M.; Ketchum, K.A.; Kinsinger, C.R.; Robles, A.I.; An, E.; Hiltke, T.; Mesri, M.; Thiagarajan, M.; Weaver, A.M.; Sikora, A.G.; Lubiński, J.; Wierzbicka, M.; Wiznerowicz, M.; Satpathy, S.; Gillette, M.A.; Miles, G.; Ellis, M.J.; Omenn, G.S.; Rodriguez, H.; Boja, E.S.; Dhanasekaran, S.M.; Ding, L.; Nesvizhskii, A.I.; El-Naggar, A.K.; Chan, D.W.; Zhang, H.; Zhang, B.; Agarwal, A.; Anderson, M.L.; Avanessian, S.C.; Avtonomov, D.; Bathe, O.F.; Birger, C.; Birrer, M.J.; Blumenberg, L.; Bocik, W.E.; Borate, U.; Borucki, M.; Burke, M.C.; Cai, S.; Calinawan, A.P.; Cerda, S.; Charamut, A.; Chen, L.S.; Chowdhury, S.; Clauser, K.R.; Culpepper, H.; Czernicki, T.; D’Angelo, F.; Day, J.; De Young, S.; Demir, E.; Ding, F.; Domagalski, M.J.; Dort, J.C.; Druker, B.; Duffy, E.; Dyer, M.; Edwards, N.J.; Elburn, K.; Ermakova, T.S.; Fenyo, D.; Ferrarotto, R.; Francis, A.; Gabriel, S.; Garofano, L.; Geffen, Y.; Getz, G.; Goldthwaite, C.A.; Hannick, L.I.; Hariharan, P.; Hayes, D.N.; Heiman, D.; Hindenach, B.; Hoadley, K.A.; Hostetter, G.; Hyrcza, M.; Jewell, S.D.; Jones, C.D.; Kane, M.H.; Karz, A.; Kothadia, R.B.; Krek, A.; Kumar-Sinha, C.; Liu, T.; Liu, H.; Ma, W.; Malc, E.; Malovannaya, A.; Mareedu, S.; Markey, S.P.; Marrero-Oliveras, A.; Maunganidze, N.; McDermott, J.E.; McGarvey, P.B.; McGee, J.; Mieczkowski, P.; Migliozzi, S.; Montgomery, R.; Newton, C.J.; Ozbek, U.; Paulovich, A.G.; Payne, S.H.; Pazardzhikliev, D.D.; Perou, A.M.; Petralia, F.; Petrenko, L.; Piehowski, P.D.; Placantonakis, D.; Polonskaya, L.; Ponomareva, E.V.; Potapova, O.; Qi, L.; Qu, N.; Ramkissoon, S.; Reva, B.; Richey, S.; Robinson, K.; Roche, N.; Rodland, K.; Rohrer, D.C.; Rykunov, D.; Schadt, E.E.; Shi, Y.; Shutack, Y.; Singh, S.; Skelly, T.; Smith, R.; Sokoll, L.J.; Stawicki, J.; Stein, S.E.; Suh, J.; Szopa, W.; Tabor, D.; Tan, D.; Tansil, D.; Teo, G.C.; Thangudu, R.R.; Tognon, C.; Traer, E.; Tsang, S.; Tyner, J.; Um, K.S.; Valley, D.R.; Vasilev, L.V.; Vatanian, N.; Velvulou, U.; Vernon, M.; Westbrook, T.F.; Whiteaker, J.R.; Wu, Y.; Xu, M.; Yao, L.; Yi, X.; Yu, F.; Zaalishvili, K.; Zakhartsev, Y.; Zelt, R.; Zhao, G.; Zhu, J. Proteogenomic insights into the biology and treatment of HPV-negative head and neck squamous cell carcinoma. Cancer Cell, 2021, 39(3), 361-379.e16.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.ccell.2020.12.007] [PMID: 33417831]

Walter, V.; Yin, X.; Wilkerson, M.D.; Cabanski, C.R.; Zhao, N.; Du, Y.; Ang, M.K.; Hayward, M.C.; Salazar, A.H.; Hoadley, K.A.; Fritchie, K.; Sailey, C.G.; Weissler, M.C.; Shockley, W.W.; Zanation, A.M.; Hackman, T.; Thorne, L.B.; Funkhouser, W.D.; Muldrew, K.L.; Olshan, A.F.; Randell, S.H.; Wright, F.A.; Shores, C.G.; Hayes, D.N. Molecular subtypes in head and neck cancer exhibit distinct patterns of chromosomal gain and loss of canonical cancer genes. PLoS One, 2013, 8(2), e56823.
[http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0056823] [PMID: 23451093]

Chung, C.H.; Parker, J.S.; Karaca, G.; Wu, J.; Funkhouser, W.K.; Moore, D.; Butterfoss, D.; Xiang, D.; Zanation, A.; Yin, X.; Shockley, W.W.; Weissler, M.C.; Dressler, L.G.; Shores, C.G.; Yarbrough, W.G.; Perou, C.M. Molecular classification of head and neck squamous cell carcinomas using patterns of gene expression. Cancer Cell, 2004, 5(5), 489-500.
[http://dx.doi.org/10.1016/S1535-6108(04)00112-6] [PMID: 15144956]

Network, C.G.A. Comprehensive genomic characterization of head and neck squamous cell carcinomas. Nature, 2015, 517(7536), 576-582.
[http://dx.doi.org/10.1038/nature14129] [PMID: 25631445]

Kordbacheh, F.; Farah, C.S. Current and emerging molecular therapies for head and neck squamous cell carcinoma. Cancers, 2021, 13(21), 5471.
[http://dx.doi.org/10.3390/cancers13215471] [PMID: 34771633]

Jie, H.B.; Schuler, P.J.; Lee, S.C.; Srivastava, R.M.; Argiris, A.; Ferrone, S.; Whiteside, T.L.; Ferris, R.L. CTLA-4+ regulatory T cells increased in cetuximab-treated head and neck cancer patients suppress NK cell cytotoxicity and correlate with poor prognosis. Cancer Res., 2015, 75(11), 2200-2210.
[http://dx.doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-14-2788] [PMID: 25832655]

Seiwert, T.Y.; Burtness, B.; Mehra, R.; Weiss, J.; Berger, R.; Eder, J.P.; Heath, K.; McClanahan, T.; Lunceford, J.; Gause, C.; Cheng, J.D.; Chow, L.Q. Safety and clinical activity of pembrolizumab for treatment of recurrent or metastatic squamous cell carcinoma of the head and neck (KEYNOTE-012): An open-label, multicentre, phase 1b trial. Lancet Oncol., 2016, 17(7), 956-965.
[http://dx.doi.org/10.1016/S1470-2045(16)30066-3] [PMID: 27247226]

Chen, S.; Yang, Y.; Wang, R.; Fang, J. Neoadjuvant PD-1/PD-L1 inhibitors combined with chemotherapy had a higher ORR than mono-immunotherapy in untreated HNSCC: Meta-analysis. Oral Oncol., 2023, 145, 106479.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.oraloncology.2023.106479] [PMID: 37478574]

Wang, D.; Chen, H.; Hu, Y. Polarized autologous macrophages (PAM) can be a tumor vaccine. Oncologie, 2022, 24(3), 441-449.
[http://dx.doi.org/10.32604/oncologie.2022.024898]

Zhang, H.; Yan, J.; Ren, X.; Sheng, Y.; Wang, Z.; Liang, J.; Yan, Y.; Jia, Y.; Li, Z.; Hou, J. Nimotuzumab combined with neoadjuvant or induction chemotherapy for head and neck squamous cell carcinoma: A retrospective study. Oncologie, 2022, 24(4), 707-716.
[http://dx.doi.org/10.32604/oncologie.2022.027023]

Liu, J.; Lichtenberg, T.; Hoadley, K.A.; Poisson, L.M.; Lazar, A.J.; Cherniack, A.D.; Kovatich, A.J.; Benz, C.C.; Levine, D.A.; Lee, A.V.; Omberg, L.; Wolf, D.M.; Shriver, C.D.; Thorsson, V.; Hu, H.; Caesar-Johnson, S.J.; Demchok, J.A.; Felau, I.; Kasapi, M.; Ferguson, M.L.; Hutter, C.M.; Sofia, H.J.; Tarnuzzer, R.; Wang, Z.; Yang, L.; Zenklusen, J.C.; Zhang, J.J.; Chudamani, S.; Liu, J.; Lolla, L.; Naresh, R.; Pihl, T.; Sun, Q.; Wan, Y.; Wu, Y.; Cho, J.; DeFreitas, T.; Frazer, S.; Gehlenborg, N.; Getz, G.; Heiman, D.I.; Kim, J.; Lawrence, M.S.; Lin, P.; Meier, S.; Noble, M.S.; Saksena, G.; Voet, D.; Zhang, H.; Bernard, B.; Chambwe, N.; Dhankani, V.; Knijnenburg, T.; Kramer, R.; Leinonen, K.; Liu, Y.; Miller, M.; Reynolds, S.; Shmulevich, I.; Thorsson, V.; Zhang, W.; Akbani, R.; Broom, B.M.; Hegde, A.M.; Ju, Z.; Kanchi, R.S.; Korkut, A.; Li, J.; Liang, H.; Ling, S.; Liu, W.; Lu, Y.; Mills, G.B.; Ng, K-S.; Rao, A.; Ryan, M.; Wang, J.; Weinstein, J.N.; Zhang, J.; Abeshouse, A.; Armenia, J.; Chakravarty, D.; Chatila, W.K.; de Bruijn, I.; Gao, J.; Gross, B.E.; Heins, Z.J.; Kundra, R.; La, K.; Ladanyi, M.; Luna, A.; Nissan, M.G.; Ochoa, A.; Phillips, S.M.; Reznik, E.; Sanchez-Vega, F.; Sander, C.; Schultz, N.; Sheridan, R.; Sumer, S.O.; Sun, Y.; Taylor, B.S.; Wang, J.; Zhang, H.; Anur, P.; Peto, M.; Spellman, P.; Benz, C.; Stuart, J.M.; Wong, C.K.; Yau, C.; Hayes, D.N.; Parker, J.S.; Wilkerson, M.D.; Ally, A.; Balasundaram, M.; Bowlby, R.; Brooks, D.; Carlsen, R.; Chuah, E.; Dhalla, N.; Holt, R.; Jones, S.J.M.; Kasaian, K.; Lee, D.; Ma, Y.; Marra, M.A.; Mayo, M.; Moore, R.A.; Mungall, A.J.; Mungall, K.; Robertson, A.G.; Sadeghi, S.; Schein, J.E.; Sipahimalani, P.; Tam, A.; Thiessen, N.; Tse, K.; Wong, T.; Berger, A.C.; Beroukhim, R.; Cherniack, A.D.; Cibulskis, C.; Gabriel, S.B.; Gao, G.F.; Ha, G.; Meyerson, M.; Schumacher, S.E.; Shih, J.; Kucherlapati, M.H.; Kucherlapati, R.S.; Baylin, S.; Cope, L.; Danilova, L.; Bootwalla, M.S.; Lai, P.H.; Maglinte, D.T.; Van Den Berg, D.J.; Weisenberger, D.J.; Auman, J.T.; Balu, S.; Bodenheimer, T.; Fan, C.; Hoadley, K.A.; Hoyle, A.P.; Jefferys, S.R.; Jones, C.D.; Meng, S.; Mieczkowski, P.A.; Mose, L.E.; Perou, A.H.; Perou, C.M.; Roach, J.; Shi, Y.; Simons, J.V.; Skelly, T.; Soloway, M.G.; Tan, D.; Veluvolu, U.; Fan, H.; Hinoue, T.; Laird, P.W.; Shen, H.; Zhou, W.; Bellair, M.; Chang, K.; Covington, K.; Creighton, C.J.; Dinh, H.; Doddapaneni, H.V.; Donehower, L.A.; Drummond, J.; Gibbs, R.A.; Glenn, R.; Hale, W.; Han, Y.; Hu, J.; Korchina, V.; Lee, S.; Lewis, L.; Li, W.; Liu, X.; Morgan, M.; Morton, D.; Muzny, D.; Santibanez, J.; Sheth, M.; Shinbro, E.; Wang, L.; Wang, M.; Wheeler, D.A.; Xi, L.; Zhao, F.; Hess, J.; Appelbaum, E.L.; Bailey, M.; Cordes, M.G.; Ding, L.; Fronick, C.C.; Fulton, L.A.; Fulton, R.S.; Kandoth, C.; Mardis, E.R.; McLellan, M.D.; Miller, C.A.; Schmidt, H.K.; Wilson, R.K.; Crain, D.; Curley, E.; Gardner, J.; Lau, K.; Mallery, D.; Morris, S.; Paulauskis, J.; Penny, R.; Shelton, C.; Shelton, T.; Sherman, M.; Thompson, E.; Yena, P.; Bowen, J.; Gastier-Foster, J.M.; Gerken, M.; Leraas, K.M.; Lichtenberg, T.M.; Ramirez, N.C.; Wise, L.; Zmuda, E.; Corcoran, N.; Costello, T.; Hovens, C.; Carvalho, A.L.; de Carvalho, A.C.; Fregnani, J.H.; Longatto-Filho, A.; Reis, R.M.; Scapulatempo-Neto, C.; Silveira, H.C.S.; Vidal, D.O.; Burnette, A.; Eschbacher, J.; Hermes, B.; Noss, A.; Singh, R.; Anderson, M.L.; Castro, P.D.; Ittmann, M.; Huntsman, D.; Kohl, B.; Le, X.; Thorp, R.; Andry, C.; Duffy, E.R.; Lyadov, V.; Paklina, O.; Setdikova, G.; Shabunin, A.; Tavobilov, M.; McPherson, C.; Warnick, R.; Berkowitz, R.; Cramer, D.; Feltmate, C.; Horowitz, N.; Kibel, A.; Muto, M.; Raut, C.P.; Malykh, A.; Barnholtz-Sloan, J.S.; Barrett, W.; Devine, K.; Fulop, J.; Ostrom, Q.T.; Shimmel, K.; Wolinsky, Y.; Sloan, A.E.; De Rose, A.; Giuliante, F.; Goodman, M.; Karlan, B.Y.; Hagedorn, C.H.; Eckman, J.; Harr, J.; Myers, J.; Tucker, K.; Zach, L.A.; Deyarmin, B.; Hu, H.; Kvecher, L.; Larson, C.; Mural, R.J.; Somiari, S.; Vicha, A.; Zelinka, T.; Bennett, J.; Iacocca, M.; Rabeno, B.; Swanson, P.; Latour, M.; Lacombe, L.; Têtu, B.; Bergeron, A.; McGraw, M.; Staugaitis, S.M.; Chabot, J.; Hibshoosh, H.; Sepulveda, A.; Su, T.; Wang, T.; Potapova, O.; Voronina, O.; Desjardins, L.; Mariani, O.; Roman-Roman, S.; Sastre, X.; Stern, M-H.; Cheng, F.; Signoretti, S.; Berchuck, A.; Bigner, D.; Lipp, E.; Marks, J.; McCall, S.; McLendon, R.; Secord, A.; Sharp, A.; Behera, M.; Brat, D.J.; Chen, A.; Delman, K.; Force, S.; Khuri, F.; Magliocca, K.; Maithel, S.; Olson, J.J.; Owonikoko, T.; Pickens, A.; Ramalingam, S.; Shin, D.M.; Sica, G.; Van Meir, E.G.; Zhang, H.; Eijckenboom, W.; Gillis, A.; Korpershoek, E.; Looijenga, L.; Oosterhuis, W.; Stoop, H.; van Kessel, K.E.; Zwarthoff, E.C.; Calatozzolo, C.; Cuppini, L.; Cuzzubbo, S.; DiMeco, F.; Finocchiaro, G.; Mattei, L.; Perin, A.; Pollo, B.; Chen, C.; Houck, J.; Lohavanichbutr, P.; Hartmann, A.; Stoehr, C.; Stoehr, R.; Taubert, H.; Wach, S.; Wullich, B.; Kycler, W.; Murawa, D.; Wiznerowicz, M.; Chung, K.; Edenfield, W.J.; Martin, J.; Baudin, E.; Bubley, G.; Bueno, R.; De Rienzo, A.; Richards, W.G.; Kalkanis, S.; Mikkelsen, T.; Noushmehr, H.; Scarpace, L.; Girard, N.; Aymerich, M.; Campo, E.; Giné, E.; Guillermo, A.L.; Van Bang, N.; Hanh, P.T.; Phu, B.D.; Tang, Y.; Colman, H.; Evason, K.; Dottino, P.R.; Martignetti, J.A.; Gabra, H.; Juhl, H.; Akeredolu, T.; Stepa, S.; Hoon, D.; Ahn, K.; Kang, K.J.; Beuschlein, F.; Breggia, A.; Birrer, M.; Bell, D.; Borad, M.; Bryce, A.H.; Castle, E.; Chandan, V.; Cheville, J.; Copland, J.A.; Farnell, M.; Flotte, T.; Giama, N.; Ho, T.; Kendrick, M.; Kocher, J-P.; Kopp, K.; Moser, C.; Nagorney, D.; O’Brien, D.; O’Neill, B.P.; Patel, T.; Petersen, G.; Que, F.; Rivera, M.; Roberts, L.; Smallridge, R.; Smyrk, T.; Stanton, M.; Thompson, R.H.; Torbenson, M.; Yang, J.D.; Zhang, L.; Brimo, F.; Ajani, J.A.; Angulo Gonzalez, A.M.; Behrens, C.; Bondaruk, J.; Broaddus, R.; Czerniak, B.; Esmaeli, B.; Fujimoto, J.; Gershenwald, J.; Guo, C.; Lazar, A.J.; Logothetis, C.; Meric-Bernstam, F.; Moran, C.; Ramondetta, L.; Rice, D.; Sood, A.; Tamboli, P.; Thompson, T.; Troncoso, P.; Tsao, A.; Wistuba, I.; Carter, C.; Haydu, L.; Hersey, P.; Jakrot, V.; Kakavand, H.; Kefford, R.; Lee, K.; Long, G.; Mann, G.; Quinn, M.; Saw, R.; Scolyer, R.; Shannon, K.; Spillane, A.; Stretch, J.; Synott, M.; Thompson, J.; Wilmott, J.; Al-Ahmadie, H.; Chan, T.A.; Ghossein, R.; Gopalan, A.; Levine, D.A.; Reuter, V.; Singer, S.; Singh, B.; Tien, N.V.; Broudy, T.; Mirsaidi, C.; Nair, P.; Drwiega, P.; Miller, J.; Smith, J.; Zaren, H.; Park, J-W.; Hung, N.P.; Kebebew, E.; Linehan, W.M.; Metwalli, A.R.; Pacak, K.; Pinto, P.A.; Schiffman, M.; Schmidt, L.S.; Vocke, C.D.; Wentzensen, N.; Worrell, R.; Yang, H.; Moncrieff, M.; Goparaju, C.; Melamed, J.; Pass, H.; Botnariuc, N.; Caraman, I.; Cernat, M.; Chemencedji, I.; Clipca, A.; Doruc, S.; Gorincioi, G.; Mura, S.; Pirtac, M.; Stancul, I.; Tcaciuc, D.; Albert, M.; Alexopoulou, I.; Arnaout, A.; Bartlett, J.; Engel, J.; Gilbert, S.; Parfitt, J.; Sekhon, H.; Thomas, G.; Rassl, D.M.; Rintoul, R.C.; Bifulco, C.; Tamakawa, R.; Urba, W.; Hayward, N.; Timmers, H.; Antenucci, A.; Facciolo, F.; Grazi, G.; Marino, M.; Merola, R.; de Krijger, R.; Gimenez-Roqueplo, A-P.; Piché, A.; Chevalier, S.; McKercher, G.; Birsoy, K.; Barnett, G.; Brewer, C.; Farver, C.; Naska, T.; Pennell, N.A.; Raymond, D.; Schilero, C.; Smolenski, K.; Williams, F.; Morrison, C.; Borgia, J.A.; Liptay, M.J.; Pool, M.; Seder, C.W.; Junker, K.; Omberg, L.; Dinkin, M.; Manikhas, G.; Alvaro, D.; Bragazzi, M.C.; Cardinale, V.; Carpino, G.; Gaudio, E.; Chesla, D.; Cottingham, S.; Dubina, M.; Moiseenko, F.; Dhanasekaran, R.; Becker, K-F.; Janssen, K-P.; Slotta-Huspenina, J.; Abdel-Rahman, M.H.; Aziz, D.; Bell, S.; Cebulla, C.M.; Davis, A.; Duell, R.; Elder, J.B.; Hilty, J.; Kumar, B.; Lang, J.; Lehman, N.L.; Mandt, R.; Nguyen, P.; Pilarski, R.; Rai, K.; Schoenfield, L.; Senecal, K.; Wakely, P.; Hansen, P.; Lechan, R.; Powers, J.; Tischler, A.; Grizzle, W.E.; Sexton, K.C.; Kastl, A.; Henderson, J.; Porten, S.; Waldmann, J.; Fassnacht, M.; Asa, S.L.; Schadendorf, D.; Couce, M.; Graefen, M.; Huland, H.; Sauter, G.; Schlomm, T.; Simon, R.; Tennstedt, P.; Olabode, O.; Nelson, M.; Bathe, O.; Carroll, P.R.; Chan, J.M.; Disaia, P.; Glenn, P.; Kelley, R.K.; Landen, C.N.; Phillips, J.; Prados, M.; Simko, J.; Smith-McCune, K.; VandenBerg, S.; Roggin, K.; Fehrenbach, A.; Kendler, A.; Sifri, S.; Steele, R.; Jimeno, A.; Carey, F.; Forgie, I.; Mannelli, M.; Carney, M.; Hernandez, B.; Campos, B.; Herold-Mende, C.; Jungk, C.; Unterberg, A.; von Deimling, A.; Bossler, A.; Galbraith, J.; Jacobus, L.; Knudson, M.; Knutson, T.; Ma, D.; Milhem, M.; Sigmund, R.; Godwin, A.K.; Madan, R.; Rosenthal, H.G.; Adebamowo, C.; Adebamowo, S.N.; Boussioutas, A.; Beer, D.; Giordano, T.; Mes-Masson, A-M.; Saad, F.; Bocklage, T.; Landrum, L.; Mannel, R.; Moore, K.; Moxley, K.; Postier, R.; Walker, J.; Zuna, R.; Feldman, M.; Valdivieso, F.; Dhir, R.; Luketich, J.; Mora Pinero, E.M.; Quintero-Aguilo, M.; Carlotti, C.G., Jr; Dos Santos, J.S.; Kemp, R.; Sankarankuty, A.; Tirapelli, D.; Catto, J.; Agnew, K.; Swisher, E.; Creaney, J.; Robinson, B.; Shelley, C.S.; Godwin, E.M.; Kendall, S.; Shipman, C.; Bradford, C.; Carey, T.; Haddad, A.; Moyer, J.; Peterson, L.; Prince, M.; Rozek, L.; Wolf, G.; Bowman, R.; Fong, K.M.; Yang, I.; Korst, R.; Rathmell, W.K.; Fantacone-Campbell, J.L.; Hooke, J.A.; Kovatich, A.J.; Shriver, C.D.; DiPersio, J.; Drake, B.; Govindan, R.; Heath, S.; Ley, T.; Van Tine, B.; Westervelt, P.; Rubin, M.A.; Lee, J.I.; Aredes, N.D.; Mariamidze, A. An integrated TCGA pan-cancer clinical data resource to drive high-quality survival outcome analytics. Cell, 2018, 173(2), 400-416.e11.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2018.02.052] [PMID: 29625055]

Tsherniak, A.; Vazquez, F.; Montgomery, P.G.; Weir, B.A.; Kryukov, G.; Cowley, G.S.; Gill, S.; Harrington, W.F.; Pantel, S.; Krill-Burger, J.M.; Meyers, R.M.; Ali, L.; Goodale, A.; Lee, Y.; Jiang, G.; Hsiao, J.; Gerath, W.F.J.; Howell, S.; Merkel, E.; Ghandi, M.; Garraway, L.A.; Root, D.E.; Golub, T.R.; Boehm, J.S.; Hahn, W.C. Defining a cancer dependency map. Cell, 2017, 170(3), 564-576.e16.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2017.06.010] [PMID: 28753430]

Li, J.; Akbani, R.; Zhao, W.; Lu, Y.; Weinstein, J.N.; Mills, G.B.; Liang, H. Explore, visualize, and analyze functional cancer proteomic data using the cancer proteome atlas. Cancer Res., 2017, 77(21), e51-e54.
[http://dx.doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-17-0369] [PMID: 29092939]

Tan, V.Y.F.; Févotte, C. Automatic relevance determination in nonnegative matrix factorization with the β-divergence. IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell., 2013, 35(7), 1592-1605.
[http://dx.doi.org/10.1109/TPAMI.2012.240] [PMID: 23681989]

Roh, W.; Geffen, Y.; Cha, H.; Miller, M.; Anand, S.; Kim, J.; Heiman, D.I.; Gainor, J.F.; Laird, P.W.; Cherniack, A.D.; Ock, C.Y.; Lee, S.H.; Getz, G. High-resolution profiling of lung adenocarcinoma identifies expression subtypes with specific biomarkers and clinically relevant vulnerabilities. Cancer Res., 2022, 82(21), 3917-3931.
[http://dx.doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-22-0432] [PMID: 36040373]

Kim, J.; Kwiatkowski, D.; McConkey, D.J.; Meeks, J.J.; Freeman, S.S.; Bellmunt, J.; Getz, G.; Lerner, S.P. The cancer genome atlas expression subtypes stratify response to checkpoint inhibition in advanced urothelial cancer and identify a subset of patients with high survival probability. Eur. Urol., 2019, 75(6), 961-964.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.eururo.2019.02.017] [PMID: 30851984]

Hänzelmann, S.; Castelo, R.; Guinney, J. GSVA: Gene set variation analysis for microarray and RNA-Seq data. BMC Bioinformatics, 2013, 14(1), 7.
[http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-14-7] [PMID: 23323831]

Taylor-Weiner, A.; Aguet, F.; Haradhvala, N.J.; Gosai, S.; Anand, S.; Kim, J.; Ardlie, K.; Van Allen, E.M.; Getz, G. Scaling computational genomics to millions of individuals with GPUs. Genome Biol., 2019, 20(1), 228.
[http://dx.doi.org/10.1186/s13059-019-1836-7] [PMID: 31675989]

Farhangdoost, N.; Horth, C.; Hu, B.; Bareke, E.; Chen, X.; Li, Y.; Coradin, M.; Garcia, B.A.; Lu, C.; Majewski, J. Chromatin dysregulation associated with NSD1 mutation in head and neck squamous cell carcinoma. Cell Rep., 2021, 34(8), 108769.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.celrep.2021.108769] [PMID: 33626351]

Thorsson, V.; Gibbs, D.L.; Brown, S.D.; Wolf, D.; Bortone, D.S.; Ou Yang, T.H.; Porta-Pardo, E.; Gao, G.F.; Plaisier, C.L.; Eddy, J.A.; Ziv, E.; Culhane, A.C.; Paull, E.O.; Sivakumar, I.K.A.; Gentles, A.J.; Malhotra, R.; Farshidfar, F.; Colaprico, A.; Parker, J.S.; Mose, L.E.; Vo, N.S.; Liu, J.; Liu, Y.; Rader, J.; Dhankani, V.; Reynolds, S.M.; Bowlby, R.; Califano, A.; Cherniack, A.D.; Anastassiou, D.; Bedognetti, D.; Mokrab, Y.; Newman, A.M.; Rao, A.; Chen, K.; Krasnitz, A.; Hu, H.; Malta, T.M.; Noushmehr, H.; Pedamallu, C.S.; Bullman, S.; Ojesina, A.I.; Lamb, A.; Zhou, W.; Shen, H.; Choueiri, T.K.; Weinstein, J.N.; Guinney, J.; Saltz, J.; Holt, R.A.; Rabkin, C.S.; Lazar, A.J.; Serody, J.S.; Demicco, E.G.; Disis, M.L.; Vincent, B.G.; Shmulevich, I.; Caesar-Johnson, S.J.; Demchok, J.A.; Felau, I.; Kasapi, M.; Ferguson, M.L.; Hutter, C.M.; Sofia, H.J.; Tarnuzzer, R.; Wang, Z.; Yang, L.; Zenklusen, J.C.; Zhang, J.J.; Chudamani, S.; Liu, J.; Lolla, L.; Naresh, R.; Pihl, T.; Sun, Q.; Wan, Y.; Wu, Y.; Cho, J.; DeFreitas, T.; Frazer, S.; Gehlenborg, N.; Getz, G.; Heiman, D.I.; Kim, J.; Lawrence, M.S.; Lin, P.; Meier, S.; Noble, M.S.; Saksena, G.; Voet, D.; Zhang, H.; Bernard, B.; Chambwe, N.; Dhankani, V.; Knijnenburg, T.; Kramer, R.; Leinonen, K.; Liu, Y.; Miller, M.; Reynolds, S.; Shmulevich, I.; Thorsson, V.; Zhang, W.; Akbani, R.; Broom, B.M.; Hegde, A.M.; Ju, Z.; Kanchi, R.S.; Korkut, A.; Li, J.; Liang, H.; Ling, S.; Liu, W.; Lu, Y.; Mills, G.B.; Ng, K-S.; Rao, A.; Ryan, M.; Wang, J.; Weinstein, J.N.; Zhang, J.; Abeshouse, A.; Armenia, J.; Chakravarty, D.; Chatila, W.K.; de Bruijn, I.; Gao, J.; Gross, B.E.; Heins, Z.J.; Kundra, R.; La, K.; Ladanyi, M.; Luna, A.; Nissan, M.G.; Ochoa, A.; Phillips, S.M.; Reznik, E.; Sanchez-Vega, F.; Sander, C.; Schultz, N.; Sheridan, R.; Sumer, S.O.; Sun, Y.; Taylor, B.S.; Wang, J.; Zhang, H.; Anur, P.; Peto, M.; Spellman, P.; Benz, C.; Stuart, J.M.; Wong, C.K.; Yau, C.; Hayes, D.N.; Parker, J.S.; Wilkerson, M.D.; Ally, A.; Balasundaram, M.; Bowlby, R.; Brooks, D.; Carlsen, R.; Chuah, E.; Dhalla, N.; Holt, R.; Jones, S.J.M.; Kasaian, K.; Lee, D.; Ma, Y.; Marra, M.A.; Mayo, M.; Moore, R.A.; Mungall, A.J.; Mungall, K.; Robertson, A.G.; Sadeghi, S.; Schein, J.E.; Sipahimalani, P.; Tam, A.; Thiessen, N.; Tse, K.; Wong, T.; Berger, A.C.; Beroukhim, R.; Cherniack, A.D.; Cibulskis, C.; Gabriel, S.B.; Gao, G.F.; Ha, G.; Meyerson, M.; Schumacher, S.E.; Shih, J.; Kucherlapati, M.H.; Kucherlapati, R.S.; Baylin, S.; Cope, L.; Danilova, L.; Bootwalla, M.S.; Lai, P.H.; Maglinte, D.T.; Van Den Berg, D.J.; Weisenberger, D.J.; Auman, J.T.; Balu, S.; Bodenheimer, T.; Fan, C.; Hoadley, K.A.; Hoyle, A.P.; Jefferys, S.R.; Jones, C.D.; Meng, S.; Mieczkowski, P.A.; Mose, L.E.; Perou, A.H.; Perou, C.M.; Roach, J.; Shi, Y.; Simons, J.V.; Skelly, T.; Soloway, M.G.; Tan, D.; Veluvolu, U.; Fan, H.; Hinoue, T.; Laird, P.W.; Shen, H.; Zhou, W.; Bellair, M.; Chang, K.; Covington, K.; Creighton, C.J.; Dinh, H.; Doddapaneni, H.V.; Donehower, L.A.; Drummond, J.; Gibbs, R.A.; Glenn, R.; Hale, W.; Han, Y.; Hu, J.; Korchina, V.; Lee, S.; Lewis, L.; Li, W.; Liu, X.; Morgan, M.; Morton, D.; Muzny, D.; Santibanez, J.; Sheth, M.; Shinbrot, E.; Wang, L.; Wang, M.; Wheeler, D.A.; Xi, L.; Zhao, F.; Hess, J.; Appelbaum, E.L.; Bailey, M.; Cordes, M.G.; Ding, L.; Fronick, C.C.; Fulton, L.A.; Fulton, R.S.; Kandoth, C.; Mardis, E.R.; McLellan, M.D.; Miller, C.A.; Schmidt, H.K.; Wilson, R.K.; Crain, D.; Curley, E.; Gardner, J.; Lau, K.; Mallery, D.; Morris, S.; Paulauskis, J.; Penny, R.; Shelton, C.; Shelton, T.; Sherman, M.; Thompson, E.; Yena, P.; Bowen, J.; Gastier-Foster, J.M.; Gerken, M.; Leraas, K.M.; Lichtenberg, T.M.; Ramirez, N.C.; Wise, L.; Zmuda, E.; Corcoran, N.; Costello, T.; Hovens, C.; Carvalho, A.L.; de Carvalho, A.C.; Fregnani, J.H.; Longatto-Filho, A.; Reis, R.M.; Scapulatempo-Neto, C.; Silveira, H.C.S.; Vidal, D.O.; Burnette, A.; Eschbacher, J.; Hermes, B.; Noss, A.; Singh, R.; Anderson, M.L.; Castro, P.D.; Ittmann, M.; Huntsman, D.; Kohl, B.; Le, X.; Thorp, R.; Andry, C.; Duffy, E.R.; Lyadov, V.; Paklina, O.; Setdikova, G.; Shabunin, A.; Tavobilov, M.; McPherson, C.; Warnick, R.; Berkowitz, R.; Cramer, D.; Feltmate, C.; Horowitz, N.; Kibel, A.; Muto, M.; Raut, C.P.; Malykh, A.; Barnholtz-Sloan, J.S.; Barrett, W.; Devine, K.; Fulop, J.; Ostrom, Q.T.; Shimmel, K.; Wolinsky, Y.; Sloan, A.E.; De Rose, A.; Giuliante, F.; Goodman, M.; Karlan, B.Y.; Hagedorn, C.H.; Eckman, J.; Harr, J.; Myers, J.; Tucker, K.; Zach, L.A.; Deyarmin, B.; Hu, H.; Kvecher, L.; Larson, C.; Mural, R.J.; Somiari, S.; Vicha, A.; Zelinka, T.; Bennett, J.; Iacocca, M.; Rabeno, B.; Swanson, P.; Latour, M.; Lacombe, L.; Têtu, B.; Bergeron, A.; McGraw, M.; Staugaitis, S.M.; Chabot, J.; Hibshoosh, H.; Sepulveda, A.; Su, T.; Wang, T.; Potapova, O.; Voronina, O.; Desjardins, L.; Mariani, O.; Roman-Roman, S.; Sastre, X.; Stern, M-H.; Cheng, F.; Signoretti, S.; Berchuck, A.; Bigner, D.; Lipp, E.; Marks, J.; McCall, S.; McLendon, R.; Secord, A.; Sharp, A.; Behera, M.; Brat, D.J.; Chen, A.; Delman, K.; Force, S.; Khuri, F.; Magliocca, K.; Maithel, S.; Olson, J.J.; Owonikoko, T.; Pickens, A.; Ramalingam, S.; Shin, D.M.; Sica, G.; Van Meir, E.G.; Zhang, H.; Eijckenboom, W.; Gillis, A.; Korpershoek, E.; Looijenga, L.; Oosterhuis, W.; Stoop, H.; van Kessel, K.E.; Zwarthoff, E.C.; Calatozzolo, C.; Cuppini, L.; Cuzzubbo, S.; DiMeco, F.; Finocchiaro, G.; Mattei, L.; Perin, A.; Pollo, B.; Chen, C.; Houck, J.; Lohavanichbutr, P.; Hartmann, A.; Stoehr, C.; Stoehr, R.; Taubert, H.; Wach, S.; Wullich, B.; Kycler, W.; Murawa, D.; Wiznerowicz, M.; Chung, K.; Edenfield, W.J.; Martin, J.; Baudin, E.; Bubley, G.; Bueno, R.; De Rienzo, A.; Richards, W.G.; Kalkanis, S.; Mikkelsen, T.; Noushmehr, H.; Scarpace, L.; Girard, N.; Aymerich, M.; Campo, E.; Giné, E.; Guillermo, A.L.; Van Bang, N.; Hanh, P.T.; Phu, B.D.; Tang, Y.; Colman, H.; Evason, K.; Dottino, P.R.; Martignetti, J.A.; Gabra, H.; Juhl, H.; Akeredolu, T.; Stepa, S.; Hoon, D.; Ahn, K.; Kang, K.J.; Beuschlein, F.; Breggia, A.; Birrer, M.; Bell, D.; Borad, M.; Bryce, A.H.; Castle, E.; Chandan, V.; Cheville, J.; Copland, J.A.; Farnell, M.; Flotte, T.; Giama, N.; Ho, T.; Kendrick, M.; Kocher, J-P.; Kopp, K.; Moser, C.; Nagorney, D.; O’Brien, D.; O’Neill, B.P.; Patel, T.; Petersen, G.; Que, F.; Rivera, M.; Roberts, L.; Smallridge, R.; Smyrk, T.; Stanton, M.; Thompson, R.H.; Torbenson, M.; Yang, J.D.; Zhang, L.; Brimo, F.; Ajani, J.A.; Gonzalez, A.M.A.; Behrens, C.; Bondaruk, J.; Broaddus, R.; Czerniak, B.; Esmaeli, B.; Fujimoto, J.; Gershenwald, J.; Guo, C.; Lazar, A.J.; Logothetis, C.; Meric-Bernstam, F.; Moran, C.; Ramondetta, L.; Rice, D.; Sood, A.; Tamboli, P.; Thompson, T.; Troncoso, P.; Tsao, A.; Wistuba, I.; Carter, C.; Haydu, L.; Hersey, P.; Jakrot, V.; Kakavand, H.; Kefford, R.; Lee, K.; Long, G.; Mann, G.; Quinn, M.; Saw, R.; Scolyer, R.; Shannon, K.; Spillane, A.; Stretch; Synott, M.; Thompson, J.; Wilmott, J.; Al-Ahmadie, H.; Chan, T.A.; Ghossein, R.; Gopalan, A.; Levine, D.A.; Reuter, V.; Singer, S.; Singh, B.; Tien, N.V.; Broudy, T.; Mirsaidi, C.; Nair, P.; Drwiega, P.; Miller, J.; Smith, J.; Zaren, H.; Park, J-W.; Hung, N.P.; Kebebew, E.; Linehan, W.M.; Metwalli, A.R.; Pacak, K.; Pinto, P.A.; Schiffman, M.; Schmidt, L.S.; Vocke, C.D.; Wentzensen, N.; Worrell, R.; Yang, H.; Moncrieff, M.; Goparaju, C.; Melamed, J.; Pass, H.; Botnariuc, N.; Caraman, I.; Cernat, M.; Chemencedji, I.; Clipca, A.; Doruc, S.; Gorincioi, G.; Mura, S.; Pirtac, M.; Stancul, I.; Tcaciuc, D.; Albert, M.; Alexopoulou, I.; Arnaout, A.; Bartlett, J.; Engel, J.; Gilbert, S.; Parfitt, J.; Sekhon, H.; Thomas, G.; Rassl, D.M.; Rintoul, R.C.; Bifulco, C.; Tamakawa, R.; Urba, W.; Hayward, N.; Timmers, H.; Antenucci, A.; Facciolo, F.; Grazi, G.; Marino, M.; Merola, R.; de Krijger, R.; Gimenez-Roqueplo, A-P.; Piché, A.; Chevalier, S.; McKercher, G.; Birsoy, K.; Barnett, G.; Brewer, C.; Farver, C.; Naska, T.; Pennell, N.A.; Raymond, D.; Schilero, C.; Smolenski, K.; Williams, F.; Morrison, C.; Borgia, J.A.; Liptay, M.J.; Pool, M.; Seder, C.W.; Junker, K.; Omberg, L.; Dinkin, M.; Manikhas, G.; Alvaro, D.; Bragazzi, M.C.; Cardinale, V.; Carpino, G.; Gaudio, E.; Chesla, D.; Cottingham, S.; Dubina, M.; Moiseenko, F.; Dhanasekaran, R.; Becker, K-F.; Janssen, K-P.; Slotta-Huspenina, J.; Abdel-Rahman, M.H.; Aziz, D.; Bell, S.; Cebulla, C.M.; Davis, A.; Duell, R.; Elder, J.B.; Hilty, J.; Kumar, B.; Lang, J.; Lehman, N.L.; Mandt, R.; Nguyen, P.; Pilarski, R.; Rai, K.; Schoenfield, L.; Senecal, K.; Wakely, P.; Hansen, P.; Lechan, R.; Powers, J.; Tischler, A.; Grizzle, W.E.; Sexton, K.C.; Kastl, A.; Henderson, J.; Porten, S.; Waldmann, J.; Fassnacht, M.; Asa, S.L.; Schadendorf, D.; Couce, M.; Graefen, M.; Huland, H.; Sauter, G.; Schlomm, T.; Simon, R.; Tennstedt, P.; Olabode, O.; Nelson, M.; Bathe, O.; Carroll, P.R.; Chan, J.M.; Disaia, P.; Glenn, P.; Kelley, R.K.; Landen, C.N.; Phillips, J.; Prados, M.; Simko, J.; Smith-McCune, K.; VandenBerg, S.; Roggin, K.; Fehrenbach, A.; Kendler, A.; Sifri, S.; Steele, R.; Jimeno, A.; Carey, F.; Forgie, I.; Mannelli, M.; Carney, M.; Hernandez, B.; Campos, B.; Herold-Mende, C.; Jungk, C.; Unterberg, A.; von Deimling, A.; Bossler, A.; Galbraith, J.; Jacobus, L.; Knudson, M.; Knutson, T.; Ma, D.; Milhem, M.; Sigmund, R.; Godwin, A.K.; Madan, R.; Rosenthal, H.G.; Adebamowo, C.; Adebamowo, S.N.; Boussioutas, A.; Beer, D.; Giordano, T.; Mes-Masson, A-M.; Saad, F.; Bocklage, T.; Landrum, L.; Mannel, R.; Moore, K.; Moxley, K.; Postier, R.; Walker, J.; Zuna, R.; Feldman, M.; Valdivieso, F.; Dhir, R.; Luketich, J.; Pinero, E.M.M.; Quintero-Aguilo, M.; Carlotti, C.G., Jr; Dos Santos, J.S.; Kemp, R.; Sankarankuty, A.; Tirapelli, D.; Catto, J.; Agnew, K.; Swisher, E.; Creaney, J.; Robinson, B.; Shelley, C.S.; Godwin, E.M.; Kendall, S.; Shipman, C.; Bradford, C.; Carey, T.; Haddad, A.; Moyer, J.; Peterson, L.; Prince, M.; Rozek, L.; Wolf, G.; Bowman, R.; Fong, K.M.; Yang, I.; Korst, R.; Rathmell, W.K.; Fantacone-Campbell, J.L.; Hooke, J.A.; Kovatich, A.J.; Shriver, C.D.; DiPersio, J.; Drake, B.; Govindan, R.; Heath, S.; Ley, T.; Van Tine, B.; Westervelt, P.; Rubin, M.A.; Lee, J.I.; Aredes, N.D.; Mariamidze, A. The immune landscape of cancer. Immunity, 2018, 48(4), 812-830.e14.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.immuni.2018.03.023] [PMID: 29628290]

Jiang, P.; Gu, S.; Pan, D.; Fu, J.; Sahu, A.; Hu, X.; Li, Z.; Traugh, N.; Bu, X.; Li, B.; Liu, J.; Freeman, G.J.; Brown, M.A.; Wucherpfennig, K.W.; Liu, X.S. Signatures of T cell dysfunction and exclusion predict cancer immunotherapy response. Nat. Med., 2018, 24(10), 1550-1558.
[http://dx.doi.org/10.1038/s41591-018-0136-1] [PMID: 30127393]

Zhou, Z.; Tang, J.; Lu, Y.; Jia, J.; Luo, T.; Su, K.; Dai, X.; Zhang, H.; Liu, O. Prognosis-related molecular subtyping in head and neck squamous cell carcinoma patients based on glycolytic/cholesterogenic gene data. Cancer Cell Int., 2023, 23(1), 37.
[http://dx.doi.org/10.1186/s12935-023-02880-3] [PMID: 36841765]

Shi, C.; Liu, S.; Tian, X.; Wang, X.; Gao, P. A TP53 mutation model for the prediction of prognosis and therapeutic responses in head and neck squamous cell carcinoma. BMC Cancer, 2021, 21(1), 1035.
[http://dx.doi.org/10.1186/s12885-021-08765-w] [PMID: 34530752]

Stransky, N.; Egloff, A.M.; Tward, A.D.; Kostic, A.D.; Cibulskis, K.; Sivachenko, A.; Kryukov, G.V.; Lawrence, M.S.; Sougnez, C.; McKenna, A.; Shefler, E.; Ramos, A.H.; Stojanov, P.; Carter, S.L.; Voet, D.; Cortés, M.L.; Auclair, D.; Berger, M.F.; Saksena, G.; Guiducci, C.; Onofrio, R.C.; Parkin, M.; Romkes, M.; Weissfeld, J.L.; Seethala, R.R.; Wang, L.; Rangel-Escareño, C.; Fernandez-Lopez, J.C.; Hidalgo-Miranda, A.; Melendez-Zajgla, J.; Winckler, W.; Ardlie, K.; Gabriel, S.B.; Meyerson, M.; Lander, E.S.; Getz, G.; Golub, T.R.; Garraway, L.A.; Grandis, J.R. The mutational landscape of head and neck squamous cell carcinoma. Science, 2011, 333(6046), 1157-1160.
[http://dx.doi.org/10.1126/science.1208130] [PMID: 21798893]

Hayes, T.F.; Benaich, N.; Goldie, S.J.; Sipilä, K.; Ames-Draycott, A.; Cai, W.; Yin, G.; Watt, F.M. Integrative genomic and functional analysis of human oral squamous cell carcinoma cell lines reveals synergistic effects of FAT1 and CASP8 inactivation. Cancer Lett., 2016, 383(1), 106-114.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.canlet.2016.09.014] [PMID: 27693639]

Ghanekar, Y.; Sadasivam, S. In silico analysis reveals a shared immune signature in CASP8-mutated carcinomas with varying correlations to prognosis. PeerJ, 2019, 7, e6402.
[http://dx.doi.org/10.7717/peerj.6402] [PMID: 30775178]

Liu, X.; Chen, R.; Sun, Y.; Chen, R.; Zhou, J.; Tian, Q.; Tao, X.; Zhang, Z.; Luo, G.; Xie, W. Crystal structure of the yeast heterodimeric ADAT2/3 deaminase. BMC Biol., 2020, 18(1), 189.
[http://dx.doi.org/10.1186/s12915-020-00920-2] [PMID: 33272269]

Gerber, A.P.; Keller, W. An adenosine deaminase that generates inosine at the wobble position of tRNAs. Science, 1999, 286(5442), 1146-1149.
[http://dx.doi.org/10.1126/science.286.5442.1146] [PMID: 10550050]

Torres, A.G.; Piñeyro, D.; Filonava, L.; Stracker, T.H.; Batlle, E.; Ribas de Pouplana, L. A-to-I editing on tRNAs: Biochemical, biological and evolutionary implications. FEBS Lett., 2014, 588(23), 4279-4286.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.febslet.2014.09.025] [PMID: 25263703]

Berthel, E.; Vincent, A.; Eberst, L.; Torres, A.G.; Dacheux, E.; Rey, C.; Marcel, V.; Paraqindes, H.; Lachuer, J.; Catez, F.; de Pouplana, L.R.; Treilleux, I.; Diaz, J.J.; Dalla Venezia, N. Uncovering the translational regulatory activity of the tumor suppressor BRCA1. Cells, 2020, 9(4), 941.
[http://dx.doi.org/10.3390/cells9040941] [PMID: 32290274]

Xiao, Y.; Deng, W.W.; Yang, L.L.; Li, H.; Yu, G.T.; Zhang, W.F.; Sun, Z.J. Overexpression of p21-activated kinase 2 is correlated with high-grade oral squamous cell carcinomas. Future Oncol., 2018, 14(11), 1091-1100.
[http://dx.doi.org/10.2217/fon-2017-0643] [PMID: 29714078]

Yong, W.; Zhang, K.; Deng, Y.; Tang, W.; Tao, R. miR-511-5p suppresses cell migration, invasion and epithelial–mesenchymal transition through targeting PAK2 in gastric cancer. Biochem. Genet., 2022, 60(3), 899-913.
[http://dx.doi.org/10.1007/s10528-021-10126-y] [PMID: 34542739]

Gupta, A.; Ajith, A.; Singh, S.; Panday, R.K.; Samaiya, A.; Shukla, S. PAK2–c-Myc–PKM2 axis plays an essential role in head and neck oncogenesis via regulating Warburg effect. Cell Death Dis., 2018, 9(8), 825.
[http://dx.doi.org/10.1038/s41419-018-0887-0] [PMID: 30068946]

Ansell, S.M.; Lesokhin, A.M.; Borrello, I.; Halwani, A.; Scott, E.C.; Gutierrez, M.; Schuster, S.J.; Millenson, M.M.; Cattry, D.; Freeman, G.J.; Rodig, S.J.; Chapuy, B.; Ligon, A.H.; Zhu, L.; Grosso, J.F.; Kim, S.Y.; Timmerman, J.M.; Shipp, M.A.; Armand, P. PD-1 blockade with nivolumab in relapsed or refractory Hodgkin’s lymphoma. N. Engl. J. Med., 2015, 372(4), 311-319.
[http://dx.doi.org/10.1056/NEJMoa1411087] [PMID: 25482239]

Barrett, M.T.; Anderson, K.S.; Lenkiewicz, E.; Andreozzi, M.; Cunliffe, H.E.; Klassen, C.L.; Dueck, A.C.; McCullough, A.E.; Reddy, S.K.; Ramanathan, R.K.; Northfelt, D.W.; Pockaj, B.A. Genomic amplification of 9p24.1 targeting JAK2, PD-L1, and PD-L2 is enriched in high-risk triple negative breast cancer. Oncotarget, 2015, 6(28), 26483-26493.
[http://dx.doi.org/10.18632/oncotarget.4494] [PMID: 26317899]

Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive molecular characterization of gastric adenocarcinoma. Nature, 2014, 513(7517), 202-209.
[http://dx.doi.org/10.1038/nature13480] [PMID: 25079317]

George, J.; Saito, M.; Tsuta, K.; Iwakawa, R.; Shiraishi, K.; Scheel, A.H.; Uchida, S.; Watanabe, S.; Nishikawa, R.; Noguchi, M.; Peifer, M.; Jang, S.J.; Petersen, I.; Büttner, R.; Harris, C.C.; Yokota, J.; Thomas, R.K.; Kohno, T. Genomic amplification of CD274 (PD-L1) in small-cell lung cancer. Clin. Cancer Res., 2017, 23(5), 1220-1226.
[http://dx.doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-16-1069] [PMID: 27620277]

Gröschel, S.; Bommer, M.; Hutter, B.; Budczies, J.; Bonekamp, D.; Heining, C.; Horak, P.; Fröhlich, M.; Uhrig, S.; Hübschmann, D.; Geörg, C.; Richter, D.; Pfarr, N.; Pfütze, K.; Wolf, S.; Schirmacher, P.; Jäger, D.; von Kalle, C.; Brors, B.; Glimm, H.; Weichert, W.; Stenzinger, A.; Fröhling, S. Integration of genomics and histology revises diagnosis and enables effective therapy of refractory cancer of unknown primary with PDL1 amplification. Molecular Case Studies, 2016, 2(6), a001180.
[http://dx.doi.org/10.1101/mcs.a001180] [PMID: 27900363]

Maire, V.; Baldeyron, C.; Richardson, M.; Tesson, B.; Vincent-Salomon, A.; Gravier, E.; Marty-Prouvost, B.; De Koning, L.; Rigaill, G.; Dumont, A.; Gentien, D.; Barillot, E.; Roman-Roman, S.; Depil, S.; Cruzalegui, F.; Pierré, A.; Tucker, G.C.; Dubois, T. TTK/hMPS1 is an attractive therapeutic target for triple-negative breast cancer. PLoS One, 2013, 8(5), e63712.
[http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0063712] [PMID: 23700430]

Budczies, J.; Denkert, C.; Győrffy, B.; Schirmacher, P.; Stenzinger, A. Chromosome 9p copy number gains involving PD-L1 are associated with a specific proliferation and immune-modulating gene expression program active across major cancer types. BMC Med. Genomics, 2017, 10(1), 74.
[http://dx.doi.org/10.1186/s12920-017-0308-8] [PMID: 29212506]

Xia, X.; Wang, X.; Cheng, Z.; Qin, W.; Lei, L.; Jiang, J.; Hu, J. The role of pyroptosis in cancer: Pro-cancer or pro-“host”? Cell Death Dis., 2019, 10(9), 650.
[http://dx.doi.org/10.1038/s41419-019-1883-8] [PMID: 31501419]

Song, C.; Kendi, A.T.; Shim, J.Y.; Jung, D.; Kang, P.S.; Lowe, V.J.; Lee, S. ER–/PR+ breast cancer is controlled more effectively with an inflammatory inhibitor than hormonal inhibitor. Breast Cancer, 2023, 30(3), 436-452.
[http://dx.doi.org/10.1007/s12282-023-01437-6] [PMID: 36859733]

Jee, C.; Lee, H.; Bae, S.; Yang, H.; Lee, Y.; Rho, M.; Kim, W. Loss of caspase-1 gene expression in human gastric carcinomas and cell lines. Int. J. Oncol., 2005, 26(5), 1265-1271.
[http://dx.doi.org/10.3892/ijo.26.5.1265] [PMID: 15809717]